21世紀初頭。突如出現したゴジラが地球を蹂躙し始めた。 存亡の危機に瀕した人類は、多くの人命を地球に残したまま、選ばれた人間たちを恒星間移民船・アラトラム号に乗せ、移住可能な約束の地＝“タウ星e”を目指して飛び立つ。
だが、その計画は失敗。 再び地球に戻ることを余儀なくされてしまう。 やがて故郷の星に帰り着いたものの、長距離亜空間航行で生じた時空の歪みにより、そこは“二万年後の地球” に変貌していた。
その地球でハルオ（声：宮野真守）は、人類と運命を共にする異星人エクシフ、ビルサルドと協力し、20年の時を掛けて考案した決死の “対ゴジラ戦術” を実行する。その結果、激しい攻撃を受けながらも、ゴジラを倒すことに成功する。
ところが 、その喜びも束の間、地中深くから真のゴジラ “ゴジラ・アース” が姿を現す。 それは、二万年もの間、成長を続け、体高300メートル、質量10万トンを超える姿へと進化した超巨大ゴジラだった。 その圧倒的な破壊力の前に、なす術もなく敗れ、散り散りになるハルオたち。
その時、ハルオを救ったのは、人類の生き残りと見られる “フツアの民” ミアナ（小澤亜李）だった。 この地球で初めて出会った人型の生命種族であるフツアは、本当に人類の子孫なのか？
“フツアの神もゴジラに破れ、今は卵を残すのみ。 挑むもの、抗うもの、すべて炎に呑まれて消える” と語る彼らに、“これは、人類の手に地球を取り戻す、最後のチャンスなんだ” と答えるハルオ。
一方、ビルサルドの指揮官ガルグ（声：諏訪部順一）は、フツアが使う矢じりが、自律思考金属体 “ナノメタル” 製である事に気付く。 それは、21世紀に彼らが富士山麓で “対ゴジラ決戦兵器” として開発しながらも、起動直前に破壊された “メカゴジラ” を構成する物質だった。 そしてその事実は、開発プラントが現存することを意味していた…
声優陣も、引き続き同じですが、今回からフツアという人類に似通った地球の生き残りの種族で、ミアナを小澤亜季、「ポッピンQ」 https://blogs.yahoo.co.jp/atts1964/14669118.html で大道あさひ役の声を担当していました。
そして双子のマイナ役で上田麗奈、「ハーモニー」 https://blogs.yahoo.co.jp/atts1964/13648687.html で御冷ミァハ役をしていました。
物語は、やっとのことで倒したゴジラと思いきや、とてつもない巨大ゴジラの出現で、全滅したかに思えた人類と、異性人連合軍。 しかし、ハルオはヒューマトノイド型の謎の生物に助けられ、また仲間も結構生き残っていることが確認されます。
しかし巨大ゴジラに多くの武器をやられ、通信機器も破壊されたことで、母船：移民船アラトラム号との連絡が取れず、彼らは再び地球を離れるか否かで、紛糾します。 そして48時間たっても連絡不能の場合は地球離脱の断を下すことになるんですね。
戦闘的な種族のビルサルド、精神的な面を司るエクシフ、ハルオはその中で再び戦うことを決心しますが、その背中を押してくれたのが “メカゴジラ” でした。
1作目に比べると、世界観に慣れた性もありますが、格段に面白くなっている。 特に、“メカゴジラ” という存在に一石を投じた描き方が独特で、なかなかでしたね。 アニメならではの表現とでも言いましょうか、2作目の落ち込みではなく、しり上がりに上がって行く3部作になる兆しを感じました。
