6歳のアリス（マイリー・エラ・チャレン）は、夜な夜な起きては夢の話を父・チャールズ・キングスレー（マートン・チョーカシュ）にする。その夢には、ドードー鳥や服を着たうさぎが出てくる。 笑う猫や、青い芋虫もいた。 それは６歳のアリスの冒険であった。
そして１３年が経った。
しかしどうにも納得できないアリスの前に不思議なうさぎが現れた。 アリスは退屈な婚約者からのプロポーズに困惑し、その場を逃げ出しうさぎを追う。
その懐中時計を持った白ウサギ（声：マイケル・シーン）の後を追って穴に転がり落ちたアリスが辿り着いたのはワンダーランドと呼ばれる不思議の国だった。 ここの住人である白ウサギたちが、アリスを呼び寄せたのだ。
そこは、アリスが以前来た場所だったが、13年の月日が彼女の記憶から薄れてしまっている。 これは夢と思い込んでいるのだった。
歩いていると太った双子（声：マット・ルーカス）に会う、さらにいくと白いウサギが待っていた。 さらにいくと青い芋虫（声：アランリックマン）が出てきた。 彼は予言の書を開けという。 そこにあった２つの巻物、それが予言の書なのか？
これはカレンダーで始まりからが絵巻物なっている。 ワンダーランドは独裁者、赤の女王（ヘレナ・ボナム＝カーター）が君臨する暗黒時代。 “預言の書”には、救世主が現れてこの暗黒時代を終わらせるとあった。 そして、そこに描かれた救世主こそアリス。
芋虫のアブソレムは、アリスを“偽者”と疑う。 彼女は、幼い頃にこの地で冒険を繰り広げたことを、やはり忘れていたのだ。
あくまでもこれは自分の夢と言い張るアリス、しかしそこに思わぬ怪物が襲いかかる。 赤の女王が放った怪物だった。 間一髪逃れたアリスと双子だったが、怪鳥に双子はさらわれてしまう。 アリス以外の者たちはすべて捕まり、赤の女王（声：ヘレナ・ボナム＝カーター）のもとに運ばれてしまう。 果たしてアリスは予言の書の通りの活躍ができるのだろうか？・・・
幼い頃の冒険をすっかり忘れてしまったアリス、このあと出てくる帽子屋マッドハッター（ジョニー・デップ）、不気味な彼ですが、実はアリスを助けこの国を取り戻す活躍をします。
ディズニーの名作のアニメーションは、昔見たことがありますが、不思議な国、夢の国、全てが辻褄が合わない世界に、子供心に混乱した覚えがあります。 その決着をつけれるこの作品。何か自分の幼い頃のモヤモヤっとした思い出を、スッキリさせてくれるような感じがありました。
最後アリスの選んだ人生は、妙に現実感のあるものでした。 幼い子供が見る作品というより、少し成長した青年期の者達が観るべき成長譚でしたね。
白ウサギの後を追うと穴が
小さくなったアリスと
この世界は一体？
彼女のこの世界での使命は
それに気がつくアリス
