前の冒険で、共に危機を脱して 「アンディのお気に入りのおもちゃ」 として固い友情を誓ったウッディ（唐沢寿明）とバズ（所ジョージ）は、いつものようにアンディ少年（北尾亘）に楽しく遊んでもらっていた。 今ではアンディ少年の利口な飼い犬バスター（フランク・ウェルカー）も、おもちゃたちの良い友達である。
だが、そんなおもちゃたちには実は秘密があり、本当は人間が見ていないときは自由に歩き回ったりおもちゃ同士でおしゃべりしたりする。 これは 「絶対に人間に知られてはいけないおもちゃたちのルール」 なのである。
そんなある日、重大な問題が発生した。 なんとウッディの右肩の糸がほつれて綿がはみ出してしまった。 カウボーイ・キャンプにウッディを連れて行こうとしていたアンディは落胆し、ひとりでキャンプに出かけるが、ウッディは連れていってもらえなかったことを深く落ち込む。 挙句には自分がアンディに捨てられる悪夢まで見る始末。
そんな矢先にガレージセールで不要品を売る事になり、アンディの部屋からは長らく棚の上に忘れられ、その上ホコリを被ってしまい鳴けなくなっていたペンギン人形ウィージー（佐古正人）が売りに出される事に。
おもちゃ仲間が売りに出されたウィージーを心配する中、ウッディはほつれた体をおしてバスターを駆り、ウィージーを救出する作戦を決行する。 だが入れ違いにウッディがガレージセールの列に取り残されてしまった。 おまけにたまたまガレージセールを見に来ていたおもちゃマニアで玩具量販店 「トイ・バーン」 経営者アル（樋浦勉）に見つけられ、ウッディを譲ってほしいとママ（小宮和枝）に交渉するが、ママは売るのを拒否した。
おもちゃ仲間が売りに出されたウィージーを心配する中、ウッディはほつれた体をおしてバスターを駆り、ウィージーを救出する作戦を決行する。 だが入れ違いにウッディがガレージセールの列に取り残されてしまった。 おまけにたまたまガレージセールを見に来ていたおもちゃマニアで玩具量販店 「トイ・バーン」 経営者アル（樋浦勉）に見つけられ、ウッディを譲ってほしいとママ（小宮和枝）に交渉するが、ママは売るのを拒否した。
アルは隙を突き、ウッディを強奪してしまう。 このままではウッディが日本のおもちゃ博物館に売り飛ばされてしまう！ バズたちアンディのおもちゃは、盗まれてしまったウッディを救出するべく行動を開始した・・・
さて、続編が当時は待ち遠しかったです。
監督や吹き替えの声優は一緒でしたが、ウィージーというペンギンのおもちゃの声を佐古正人、「ミンボーの女」 https://blogs.yahoo.co.jp/atts1964/11077939.html に出演していました。
物語は、すっかり仲良くなったウッディとバズですが、おもちゃというのはだんだんと忘れられていくもの、特に少し壊れてしまうと、一気に興味が失せていくもの。 ウッディは肩のほころびから、綿がはみ出してしまいました。 そして置いて行かれた事から疑心暗鬼になって行きます。
そしてガレージセールで間違って出されてしまい、実はレアものであるカーボーイ人形だったウッディということでアルに盗まれてしまうんですね。 実はこのパターンが後の短編にも引き継がれていきます。
そしてさらわれたウッディを取り戻す為におもちゃたちがまた冒険の旅に出るんですが。
一方ウッディも、新しい出会いをしているんです。
さて、おもちゃも少し視点を変えるとお宝になる、その売り先が日本というのが、当時のお宝番組の影響が出ている感じですね。 しかしおもちゃという本来子供と遊ぶ為の物という視点が、見方を変えるとお宝になる、大人の物になっていくんですね。実はこれがこのシリーズに一貫して流れるテーマのような気がします。
