自由の女神像におけるX-MENとブラザーフッドの戦いから間もないころ、ホワイトハウスの室内観光に紛れ、瞬間移動能力を有したミュータント “ナイトクロウラー”（アラン・カミング）がホワイトハウス内のガードマンをなぎ倒し、大統領を殺害しようとした事件が発生する。
この事件を知ったX-MENのリーダー、チャールズ・エグゼビア：プロフェッサーX（パトリック・スチュワート）は、メンバーのジーン・グレイ（ファムケ・ヤンセン）とオロロ・マンロー：ストーム（ハル・ベリー）を召集し、ナイトクロウラーの捜索を命じた。
そのころアメリカ政府は、対ミュータント対策本部顧問のウィリアム・ストライカー（ブライアン・コックス）を招集し、ストライカーの指揮の元、ナイトクロウラーを匿っていると思われるX-MENの本拠地 「恵まれし子らの学園」 にいるミュータント全員の摘発作戦を実行しようとしていた。
ストライカーはまず、特殊な牢屋に収容されているマグニートーに面会しにやってきたエグゼビアと、護衛のスコット・サマーズ：サイクロップス（ジェームズ・マースデン）を自身の用心棒で秘書をしているミュータントのデスストライク（ケリー・ヒュー）を使って拘束する。
一方、エグゼビアの情報を元にアルカリ湖に向かい、記憶を取り戻す手がかりを探していたローガン：ウルヴァリン（ヒュー・ジャックマン）が長い旅路を経て学園に帰還するも、その夜にストライカーの部隊による学園を襲撃を受ける。
数人の生徒が拘束される中、ローガンは辛くも生徒であるローグ（アンナ・パキン）、アイスマン（ショーン・アシュモア）、パイロ（アーロン・スタンフォード）の3人と共に脱出、同時期にマグニートーも部下のミスティークの協力で脱走に成功するのだった。
人間との三つ巴の戦いに発展していくのか？…
１作目の大ヒットを受けて製作されたこの２作目は、時間も大幅に伸ばしての大作になりました。
３部作の真ん中なんで、もちろん結論は先送りになりますが、来たるべき最終決戦につながる重要な位置づけであり、これはなかなかレベルの高い２作目だったと思います。
そして大きな悲劇が起こるんですが、これも３作目に大きな伏線となっていくんですね。
見直して気が付きましたが、アラン・カミングが出ているんですね。 彼がこのシリーズで出演しているのは今作のみ、でも大きな役どころで哀愁のあるキャラでしたね。
そして最終決戦、決着編となります。
