氷山を輸送していた一艘の貨物船。 中ではチェスをしながら順調な航行をしていた。 しかしその時、その氷山が突如ひび割れ、中から巨大なサメが現れる。そして貨物船はそのサメに襲われてしまう。
それは、過去に二度も世界を滅亡の危機に至らしめた“メガ・シャーク”だった。 巨大なワニ“クロコザウルス”との戦いで息絶えたと思われていたが、三度現れた海の覇者は、その獰猛さをスケールアップさせ、各地で暴れ回りはじめるのだった。
ターナー（クリストファー・ジャッジ）とグレイ（エリザベス・ローム）の夫婦は、ネロ（声:ポール・Ｂ・アンダーソン）という人工知能を持ったサメ型潜水艦で、航行をしていた。 グレイは操縦をし、ターナーはそれを外からチェックをする役目。
しかしエングルバーグ（マット・レーガン）提督からの緊急メッセージを受け、メガ・シャークの討伐の依頼を受けに合流する。 そこにあったのは、メカ・シャークというメガ・シャークと同じ大きさの対メガ・シャーク用に開発された最終兵器。 乗員は1名で、人工知能によって制御される。
主武装は魚雷。 しかしことは急を要するので、早速出撃する。 場合によっては核弾頭も積載すると提督は言う。
提督のところにエマ・マクニール博士（デボラ・ギブソン）から連絡が入る。 メガシャークは大きく移動することはないというのだった。 チャールズ・デイヴィス号は、早速臨戦態勢に入るが、米国潜水艦のヴァージニア号から連絡が入り、巨大サメを発見との知らせだった。
早速、メカ・シャークを連れてデイヴィス号はその現場へと向かうのだが、時間が無くネロのインストールはできず、グレイの操縦で応戦することになるのだった。
しかし巨大サメは戦い慣れていて、思わぬ結果になってしまうのだった…
前作で封印？されたメガ・シャークは、なんと復活して、さらに災害を引き起こしていくという、もう海のゴジラですね。 そもそもシャークといいますが、これは古代生物メガロドンの生き残り、といっても恐竜の時代から比べればはるかに新しい新生代の生物ですね。
しかし大きさは今の最大級のサメと比べて、規格外のデカさ、２０ｍ級というのもあまり珍しくなかったという破格の大きさで、今いて本当に襲ってきたら、軍隊出動も現実的でしょう。
今作では、もう３回目なんで、あっさりアメリカ海軍が出動します。 そしてそれに合わせた対策も打ってあり、それがメカ・シャークなんですね。
大きさでは負けないんですが、しかし人間は操作しないといけないし、その操縦にロージー・グレイという科学者が乗るんですが、やっぱり作りもんなんですぐに不具合が発生してしまうんですね。
こちらが見たいのは、機械の強さですが、すぐに故障して、動かなくなるメカ・シャークにイライラ感が強くなるんですよね。 そしてネロという人工知能をインストールするんですが…
１作目の主役のデボラ（デビー）・ギブソンがゲスト的に出演しています。１、２作目と比べると、うーんでしたね。
グレイはネロの操縦をしている
メカ・シャーク
