2029年、企業のネットが星を被い電子や光が駆け巡っても国家や民族が消えてなくなるほど情報化されていない近未来。 場所は、アジアの一画にある企業集合体国家。 通信ネットワークの飛躍的な進歩と人体のサイボーグ化とに伴う電脳犯罪の高度化・複雑化にしたがい、政府は、荒巻部長（大木民夫）を責任者、サイボーグの草薙素子少佐（田中敦子）を隊長とする非公然で首相直属の特殊部隊・公安9課＝通称 “攻殻機動隊” を誕生させた。
草薙たちは公的機関で対処できない犯罪に対し、暗殺などの方法で処理していった。 その9課に、不特定多数の人間の電脳に侵入して自在に操り犯罪を重ねる、正体不明の国際的ハッカー “人形使い” がこの国に現われると警告が発せられる。
人形使いはまず秘密会談を控えた外務大臣の通訳の電脳に侵入してきた。 事態を重く見た9課は侵入回線を逆探知し、草薙・バトー（大塚明夫）・トグサ（山寺宏一）らが犯人逮捕に向かうが、犯人らしいその男も人形使いに操られた傀儡に過ぎなかった。
この事件を機に、電脳化され完全にサイボーグ化された草薙は、記憶だけを自己の拠り所にするしかない自らの存在意義を思索し始める。
その頃、草薙らのサイボーグ・ボディ＝義体を作るメーカーから義体が盗まれる事件が発生した。 すぐさま義体を捕獲した9課の元に、公安6課の中村（玄田哲章）と電脳の権威・ウイリス博士（生木政壽）が訪れ、義体内部に人形使いが存在することを告げ、管轄の権利と義体引き渡しを要求する。 義体に潜む人形使いは9課に対し政治的亡命を希望するが、6課の自作自演の襲撃によって義体は持ち去られてしまった。
すべてのアニメのこのシリーズの原点がこの作品ですね。
監督は押井守、近作は 「ガルム・ウォーズ」 https://blogs.yahoo.co.jp/atts1964/14157808.html という実写作品です。
今作では荒巻部長の声は大木民夫さんが演じていますね。 テレビシリーズ版の阪脩さんとはちょっと感じが違いますね。 テレビシリーズは、部長自らが能動的に動く回が多く、この劇場版はそちらかというとどっしりしている感じです。
物語は、“人形使い” という謎の存在が、登場します。 この作品というか、シリーズは、基本的に強敵というか、世間を騒がす存在が登場します。 電脳の世の中なんで、そう簡単な事件ではなく、素子のような、ハッカー同士の戦いになって行きます。それは、最終的には相手の電脳に入り込む事によって、事件だけでなくその背景にたどり着かないと、本当の解決にはならないんですよね。
そのため、自分が自分でなくなるという最高リスクを味わう事になって行きます。
テレビシリーズの２ndシリーズのラストに似ていますが、これが次作の劇場版に繋がっていきます。
