大阪港で「北山船舶修理工場」を営む北山良作（大村崑）には、弘（高桑勉）という小学生の息子がいた。 北山は、間もなく大阪千里丘で開催される「大阪万博」会場で使用される遊戯用潜水艇の製作を依頼されていた。
この関係で、弘は万博の広報部員・沢田圭介（炎三四郎）に連れられて建設途中の万博会場の見学をする。 万博開催のテーマは「人類の進歩と調和」であり、圭介も自らの考古学知識を存分に役立てようとしていた。
しかし万博側は、その文化使節であるギボー（チコ・ローランド）より「古い先祖の言い伝えがあるので発掘をやめて欲しい」として猛抗議を受ける。圭介は自らの考古学の知識と万博のテーマを交えた講演を行い、説得を図るが、ギボーは「ジャイガー」という言葉を何度も吐いて、結局は納得しなかった。
一方、ウエスター島では既に政府からの許可を得ていた発掘隊がウィリアム博士（フランツ・グルーベル）主導の下、悪魔の笛を貨物船「南海丸」へ運搬するために最後の大詰めを迎えていた。 そこへ突然ガメラが飛来し、なぜか発掘・運搬を行おうとするヘリコプターを妨害し始める。
ウィリアム博士は毅然と指示を出し、ガメラへの攻撃も用意しようとする。博士の息子・トミー（ケリー・バリス）とその妹・スーザン（キャサリン・マーフィ）から反対されても断固としてガメラへの攻撃をやめようとしない。やがて悪魔の笛が完全に発掘されるとガメラは本格的に妨害を強行し、同時にウィリアム博士らも攻撃を行い、ガメラを相手に一触即発の緊張状態となる。
その時、島の火山が噴火活動を始めるとガメラは炎のエネルギーを求めて火山へと飛び去っていく。 南海丸に運搬される悪魔の笛からは突如として汽笛のような謎の怪音が響き始めるも、発掘自体は成功を収め、日本への帰路につく。
南海丸より先に大阪へと戻ってきたトミーとスーザンは友人である弘にウエスター島の土産話と現れたガメラの妨害について話をするが、弘は「ガメラの妨害には何か理由がある」と考えており、先日訪れたギボーの口にしていた「ジャイガー」という言葉に、言い知れぬ不安を強く感じる。
その不吉な予感は現実のものとなる。 ウエスター島で、悪魔の笛が発掘された地面の下で永い眠りについていた「大魔獣ジャイガー」が目覚めたのだ。
悪魔の笛を追おうとするジャイガーは火山から戻ってきたガメラと戦闘になり、互角の勝負を繰り広げるも、やがて鼻の横の角から発射する固形唾液ミサイルでガメラの四肢を釘付けにして自由を奪い、えらの水上ジェット噴射によって海面を滑走し、日本へと向かう…
これも劇場で子供のころ見ましたね。 このジャイガーも強いんですよね。 ここでガメラはその強さを知っているのか、ジャイガーの復活を妨害しに来るんですね。
しかしさっぱり意図がわからない人間は、ガメラと戦闘状態に入りますが、それがやはり悪魔の笛を動かしてはならなかったと分かるのは後の祭りでした。
この作品は万博前なんですね。 設定もそうなっておりまして、何か日本が万博景気に賑わっていたことだなあと懐かしく感じました。
